Giunta al capolinea l'esperienza conflittuale nei Faith No More, alfieri di una stagione crossover tutta da riscoprire e rivalutare, e forte della bizzarra formazione presso la scuola-John Zorn, conseguita nel singolare percorso dei Mr. Bungle, Mike Patton sceglie di non seguire una comoda carriera radicata nel cantautorato sterile e accoratamente conservatore, scegliendo di non imitare alcuna forma o idioma musicale volgarmente replicabile e di arricchire con questo stravagante diversivo il panorama indipendente americano, dando nutrimento a tutti coloro che non si riconoscono nel rock folk e intimista tanto in voga nei circuiti indie degli anni Duemila: i Fantômas riuniscono le idee più curiose di un inguaribile trasformista, deviando dai sentieri abituali cui si è soliti riposare stanchi e obsoleti.

L'avventura dei Fantômas sortisce in coincidenza dell'alleanza fra Mike e Greg Werckman, fondatori della Ipecac Recordings, etichetta che si dichiara indipendente e con l'obiettivo di raccogliere solo artisti originali e di contrasto rispetto a tutto ciò che funziona nel finire dei Novanta. Una scelta che distingue la Ipecac non solo dalle major che propongono rock mainstream, ma anche da tutte quelle piccole etichette indie che in realtà sono divenute comunissime negli Stati Uniti e che ormai tutto producono meno che musica fresca e underground. Risulta ovvio, sin dai primi mesi della casa discografica, che questa sarà anche la casa del nuovo Mike Patton, dove ospiterà e appoggerà anche tutte le sue infinite collaborazioni.
In realtà, il terreno per la proposta dei Fantômas era già stato precedentemente sondato con i due album solisti di Mike, veri e propri esperimenti rivolti forse più a sé stesso che non al pubblico di Mr. Bungle e Faith No More. "Pranzo Oltranzista", in particolare, era una proposizione in musica dell'opera futurista di Filippo Tommaso Marinetti: qualcosa di assolutamente originale, ma di totalmente inaccostabile al termine "rock".

Nella primavera del 1998 Patton si mette al lavoro su quello che diverrà il "Diabolik Demo", musica composta come raffigurazione ideale del fumetto omonimo italiano, e convinto della validità della sua nuova creatura, si mette in cerca della sua nuova band, che dovrà essere disposta a seguirlo nelle sue più insane illuminazioni nel corso degli anni a seguire. Viene contattato quindi il fido Trevor Dunn, dei Mr. Bungle, al basso, e per il posto dietro il drumkit, Mike pensa all'amico Igor Cavalera dei Sepultura, dei quali era stato ospite nello storico album "Roots". Ma alla fine la scelta, anche per motivi di organizzazione logistica, cade su un altro batterista, che diverrà punto di forza e marchio di fabbrica del suono della band: Dave Lombardo degli Slayer. Il demo viene poi passato a un altro artista per il quale Patton nutre stima e profonda ammirazione: Buzz Osborne, anima e corpo dei Melvins, formazione fondamentale e troppo spesso dimenticata o superficialmente menzionata quando si raccontano storie di grunge, stoner e psichedelia.

Diabolik, il genio del male, cede il passo a Fantômas, altro fenomeno del crimine, ma dal carattere ancor più cupo e misterioso, più adatto quindi alle atmosfere che avrebbero poi creato i quattro musicisti. Conosciuto come Amenaza Al Mundo, il primo omonimo album dei Fantômas è anche la prima uscita edita dalla Ipecac, che nei suoi primi anni di vita stenterà non poco a sopravvivere in un music business dove non sono certo i vari Dalek, Isis o Tomahawk a evadere da negozi e megastore. Grazie tuttavia alla distribuzione in Europa da parte della Southern, la Ipecac riesce a mantenersi in vita e, mese dopo mese, ad accrescere il numero dei suoi adepti.

Il primo capitolo della saga Fantômas si rivela probabilmente l'opera maggiore del gruppo, presentando uno stile nuovo e follemente originale: scariche hardcore, pause ambient e soft, schegge metal, urla e sospiri sembrano voler, a livello immaginifico, rappresentare in musica il tema thriller del fumetto. Non ci sono parole, ma grida e versi a disegnare le trenta pagine di questo episodio. E' un disco che spaventa i perbenisti del rock: perfino chi si era ormai adattato al crossover eterogeneo dei Faith No More, sempre ricco di sfumature e teatralità, spesso non ne comprende la portata artistica. Le rullate di Lombardo d'altronde creano da sole veri e propri sussulti d'alta tensione, e la performance di Patton guida il resto della brigata, in cui spicca l'armonicissima chitarra di King Buzzo. Il disco intrappola l'ascoltatore in un incubo di circa quaranta minuti: una nuova esperienza composta dalla classica formazione a quattro del rock.

Sconvolto il suo pubblico con un numero così sorprendente e deviante, Patton insegue il suo sogno cinematografico adattando allo stile dei Fantômas le colonne sonore di vecchi horror e thriller del cinema dei primi anni Sessanta, fatta salva qualche eccezione per altri e più recenti maestri del noir. Ne scaturisce The Director's Cut, seconda opera, forse la più canonicamente razionale del gruppo. Nino Rota, Bernard Hermann, Angelo Badalmenti e Christopher Komeda sono solo alcuni degli autori dei temi di film come "Rosemary's Baby" di Roman Polanski, "The Godfather" di Francis Ford Coppola, "Fire Walk With Me" di David Lynch, rivisitati secondo il modello Fantômas e fatti propri da Patton con un'interpretazione da candidatura al Golden Globe. In particolare, "Experiment In Terror" e "Cape Fear" risultano anche dei numeri di grande fascino all'interno delle numerose esibizioni dal vivo del gruppo, che acquista affiatamento e coordinazione col passare degli anni, e nella notte del vero passaggio al nuovo millennio, quindi quella del 31 dicembre del 2000, i Fantômas registrano a San Francisco un live combinato coi Melvins. Sul palco salgono inizialmente i Mr. Bungle in una delle loro ultime esibizioni prima dello scioglimento, poi, montate due batterie, una per Dale Crover e una per Dave Lombardo, due amplificatori per i bassi di Trevor Dunn e Kevin Rutmanis, e tutto il resto dell'attrezzatura per i restanti membri dei due gruppi, affiancati anche da Dave Stone per l'esecuzione di alcune tracce elettroniche, parte il concerto della Fantômas+Melvins Big Band, che esegue pezzi storici come "Hooch" o "Night Goat" del gruppo di Buzz Osborne, cantati in comunione da e con Patton, e i frammenti noise schizzati ad alta velocità del primo album dei Fantômas, nonché le interpretazioni horror da The Director's Cut.

Millennium Monsterwork, così viene intitolato l'esperimento, è il diciannovesimo capitolo della Ipecac. La qualità della registrazione risulta sporca e grezza, un po' come quella del live elettrico degli Alice In Chains; diviene difficile distinguere i singoli musicisti che suonano tutti insieme in questo assalto frontale; sarebbe stato preferibile, per un evento del genere, una qualità e un missaggio migliori per rendere al meglio un'esibizione di questa portata. Resta tuttavia, e ancora una volta, l'originalità dell'idea a consacrare il progetto di Patton.

A distanza di due anni, nei quali Patton si dedica ai Tomahawk, arriva nei negozi Delìrium Còrdia, monumentale opera monotraccia che nasce idealmente all'interno di una sala operatoria, dove il chirurgo Patton coi suoi assistenti partorisce qualcosa di ambizioso e perfettamente riuscito. Ed è ancora un cambio di rotta: un percorso notturno, nel quale sembra di essere intrappolati in un film di David Cronenberg, il metal che si fa ambient, atmosfere di trance che diventano incubo, che diventa realtà. Sono 55 minuti in cui Mike Patton, coadiuvato dai suoi affidabili collaboratori, questa volta sorta di operai a mezzo servizio, immerge l'ascoltatore nel suo personale mondo fatto di cinema noir e sogni oscuri e di difficile comprensione. Adam Jones dei Tool mette il suo zampino portando il suo sintetizzatore al servizio di questa lunga suite, collegando qua e là le parti altrimenti distaccate. L'artwork del disco, che diventa il maggior successo in termini di vendite della Ipecac, è composto di immagini splatter destinate a sconvolgere l'occhio, come se il fruitore dell'opera dovesse essere attaccato su più fronti e sensi, nella sua interazione con questa musica. E' la consacrazione del genio di Patton, e rivaluta presso il pubblico disattento il resto della sua produzione post-Faith No More. Non mancano i concerti, anche in Italia: nel corso degli anni i Fantômas arrivano a Torino, Bologna, Roma, Perugia, Bergamo, Ferrara - dove il gruppo vede crescere di volta in volta il proprio pubblico.

Registrato contemporaneamente a Delìrium Còrdia, il successivo album della band è fondamentalmente un ritorno alle origini, seppur l'idea di base fosse, per una volta non concretamente, quella della rappresentazione in stile Fantômas del mondo dei cartoni animati giapponesi. A questo proposito viene chiamato a disegnare l'artwork di questo nuovo disco il noto fumettista giapponese Yoshimoto Nara, che impreziosisce l'opera con ben trenta divertenti disegni, tanti quelli dei giorni di aprile, mese dell'ironia, a cui è idealmente dedicato l'album. Suspended Animation, questo nuovo capitolo della band, cerca di ripercorrere con nuove soluzioni e nuovi abbellimenti il terreno aperto dal primo album, ma lo fa senza rendersi conto che l'essenzialità e la freschezza di Amenaza Al Mundo erano la carta vincente di quell'ormai storico primo episodio. Soprattutto, preoccupa il fatto che per la prima volta Patton torni indietro, come se avesse finito le idee per questo suo progetto. Tuttavia, la band produce un remix di "Where Is The Line" di Björk, dall'album "Medùlla", che compare in una compilation i cui fondi vengono destinati a Warchild. Terry Bozzio sostituisce per il tour europeo Dave Lombardo, impegnato con gli Slayer, e Mike Patton annuncia, oltre all'uscita di due album del suo nuovo e lungamente atteso progetto solista Peeping Tom, la formazione di nuove idee per la produzione di altri due dischi dei Fantômas, uno proprio con Terry Bozzio alla batteria, l'altro più elettronico e differente dai vecchi capitoli. Staremo a vedere, e c'è da scommettere che non dovremo attendere troppo...

Se molti ancora oggi rimpiangono lo scioglimento dei Faith No More prima e dei Mr. Bungle poi, risulta altresì innegabile che Mike Patton, come artista e compositore, abbia superato i suoi limiti e ampliato le proprie possibilità, costruendo intorno a sé un vero impero alternativo, in grado di raggiungere tutti coloro che dal rock cercano qualcosa di diverso rispetto alla massa di prefabbricati che popolano la musica popolare.