Malombra è un progetto nato a Genova nel 1991 dalle ceneri del gruppo Zess, in cui avevano militato il vocalist Mercy e il bassista Diego Banchero. Per il nome del gruppo, Mercy decise di adottare Malombra, in onore all'omonimo romanzo di Antonio Fogazzaro, chiaro esempio di quella letteratura, tardo romantica e pre-decadente di fine Ottocento, tanto cara ai due. Furono poi reclutati il tastierista Fabio Casanova, il batterista Luca Brengio (già dietro ai tamburi degli Zess), il chitarrista Mattei Ricci e il bassista Mario Paglieri (in sostituzione di Banchero che nel frattempo aveva deciso di abbandonare il progetto per proseguire i suoi studi musicali).
Dopo un breve rodaggio la band pubblicò il primo album prodotto dalla Black Widow Records di Genova ("Malombra", 1993) che riscosse subito ampia considerazione dalla critica malgrado gli scarsi mezzi a disposizione del gruppo.
Nel 1995, il gruppo, tornò in studio per incidere il secondo album ("Our Lady Of The Bones" messo sul mercato dalla stessa Black Widow solo l'anno successivo) con un nuovo batterista, Andrea Orlando.
Gli anni che seguirono furono caratterizzati da un'intensa attività live il cui culmine fu raggiunto con la partecipazione a un grande festival svoltosi a Budapest che annoverava, tra gli altri, nomi del calibro di Iggy Pop, Prodigy e Stone Roses.
Il sopraggiungere di problematiche relative all'organico spinsero Mercy a dedicarsi maggiormente ad alcuni progetti paralleli: Il Segno del Comando, costituito con il vecchio amico Diego Banchero, Helden Rune e Ianva.
Dopo la partecipazione alla raccolta dedicata al cinema horror "…E tu vivrai nel terrore" (Black Widow, 1998), la band subì un profondo cambiamento con il rientro di Banchero e la presenza di Franz Ekurn alle tastiere, Francesco La Rosa alla batteria e del chitarrista Roberto Lucanato. Con tale line-up, il gruppo, ha ripreso a pieno ritmo la propria attività discografica partecipando nel 2000 a tre diverse raccolte della Black Widow e ha realizzato un nuovo album pubblicato nel novembre 2001, dal titolo "The Dissolution Age".
Dopo l'uscita dell'album Malombra ha ripreso l'attività live integrando un nuovo chitarrista nell'organico: Fabio Carfagna.
Nel 2023, sempre per Black Widow, la band genovese ha pubblicato "T.R.E.S.".